مردم مسلمان ایران حکومت مغول ها را نمی پذیرفتند. به همین دلیل، در بعضی از شهرها و روستاهای ایران، قیام هایی بر ضدّ حاکمان مغول صورت گرفت.
چهل سال بعد از حمله چنگیز، هلاکوخان، نوه او با سپاهی بزرگ به ایران حمله کرد.
هلاکو به بغداد نیز لشکر کشید و آخرین خلیفه عبّاسی را به قتل رساند و به این ترتیب، حکومت عبّاسیان را برانداخت.
هلاکو پس از فتح ایران، مراغه را پایتخت خود قرار داد و حکومتی را تأسیس کرد که به حکومت ایلخانان شهرت یافت.
تیمور فرماندهی بی رحم بود که حدود 160 سال پس از حمله چنگیز، توانست به تدریج بر ماوراءالنّهر حاکم شود.
او ادعا می کرد از بستگان چنگیز است.
تیمور با سپاهیانش به ایران حمله کرد. در پی این حمله، حکومت های محلّی ایران از بین رفتند و دوباره بیش تر شهرها و روستاهای کشور ما ویران شدند.